Η Εταιρεία διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο εκλέγεται για 3 χρόνια από όλα τα μέλη της, τακτικά και εκπαιδευόμενα. Ο πρόεδρος της Εταιρείας εκλέγεται χωριστά για να έχει αυξημένο κύρος. Το Διοικητικό Συμβούλιο ορίζει υποεπιτροπές με υπεύθυνους για τις επιμέρους δραστηριότητες της Εταιρείας όπως είναι οι τομείς δημοσίων σχέσεων, διεθνών σχέσεων, έρευνας κ.λ.π.
Υπεύθυνη για όλα τα θέματα της εκπαίδευσης είναι η Εκπαιδευτική Επιτροπή (ΕΕ). Ο υπεύθυνος της εκλέγεται από το ΔΣ. Τα τρια μέλη της προτείνονται από τον υπεύθυνο της ΕΕ και εγκρίνονται από το Διοικητικό Συμβούλιο.

ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ

Πρόεδρος:   Γιωσαφάτ Ματθαίος
Αντιπρόεδρος:   Παπαδόπουλος Παντελής
Γενικος γραμματέας:   Φραντζιός Γεράσιμος
Ταμίας:   Παλαιολόγου Μίνα
Μέλη:   Καλλέργης Γιώργος
    Καραδήμα Λίλα
    Ορλιακλής Βασίλης

 Οι αρμοδιότητες του ΔΣ και της ΕΕ περιγράφονται αναλυτικά στο καταστατικό και τον εσωτερικό κανονισμο της Εταιρείας.

Η Εταιρεία είναι μεταξύ άλλων μέλος της Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας Εταιρειών Ψυχαναλυτικής Ψυχοθεραπείας (European Federation for Psychoanalytic Psychotherapy).

Τα νέα μέλη των επιτροπών της διοίκησης και της εκπαίδευσης θα ανακοινωθούν μόλις εγκριθούν από το Δ.Σ.